办公室：

协助院领导办理全院政务、业务、外事等工作；

负责全院重要活动的策划、筹备、组织工作；

负责文电处理、公共关系、秘书事务、文书档案管理、信访、保密工作；

负责云冈石窟网站及公务车管理、维修工作；

负责职工食堂的管理。

编制人事科（党支部办）：

负责机构编制及全院干部职工岗位设置、工资晋升、职工福利、职称的申报及聘用等工作；

负责临时聘用人员的工资及合同的管理；

负责职工的培训、再教育及离退休人员的管理工作；

制定人才引进的管理办法并实施；

承办上级交办的组织人事事宜；

负责党员的发展、教育、党内监督、党风廉政建设、统战、工、青、妇、计划生育等工作。

科研办（学术委员会办公室）:

负责世界文化遗产有关条约政策的研究，指导遗产管理工作；

负责院内科研政策的制定与实施；

负责科研课题申报与管理；

负责组织学术交流与合作，管理科研成果；

负责学术委员会及兼职研究员的相关事宜；

策划编辑出版有关学术、科普著作及画册。

接 待 办：

负责政务接待和旅游参观的讲解服务；

负责游客服务中心、总理纪念室的日常管理；

负责旅游营销、对外宣传工作；

负责讲解员（志愿者）招聘、培训、管理工作；

负责景区背景音乐及广播服务。

保卫科：

承担云冈石窟洞窟管理、院藏文物、陈列馆及其他文物的安全保卫、技术防范、治安管理及消防安全工作；

负责技防工程设备的日常维护与更新；

负责制定《突发事件应急预案》并定期演练；

负责旅游秩序的维护与景区内部安全保卫工作；

重大活动中的警卫工作；

负责接待、处理景区内游客投诉事宜；

负责监督景区内票务的流通。

票务管理科：

负责景区门票的印制、销售工作；

负责签订团体门票销售协议；

负责暴观游客的统计、上报工作；

办理免票、半票、团队票及其他票务事宜。

文物保护修复研究室：

负责云冈石窟及市内其他石窟的文物保护规划的编制与实施；

负责石窟文物保护、修复的科学研究；

负责石质类文物保护基础及应用技术的研究和开发；

承担世界文化遗产监测管理工作；

负责石窟文物保存现状的调查、监测及建档工作；

监测设备的曰常维护、更新与数据处理工作；

负责文物保护项目的立项申报、勘察设计和组织实施等工作。

考古研究室：

负责云冈石窟考古发掘工作（窟前遗址、山顶遗址、洞窟调查）；

负责洞窟调查报告、发掘报告的编写及石窟艺术考证、比较等研究工作。

北朝文化研究室：

负责云冈石窟历史演变的研究、宗教图像学的研究；

北朝文化综合研究以及与云冈石窟相关的专题性研究。

石窟美术室：

负责云冈石窟艺术理论的研究及艺术创作工作；

负责石窟造像的临摹与制作；

修复项目中的艺术形象设计制作；

景区宣传品的设计与制作；

特定活动宣传品的设计与制作工作。

信息资料室：

负责各类历史文献的整理与研究、图书资料的釆编、信息咨询服务工作；

负责特藏室、开放式书库、期刊阅览室的曰常管理；

负责全院文件、公函、学术研究资料、影像资料及重要电子文档的整理、归档工作；

负责与相关学术研究单位进行信息资料交流，参与综合性课题的研究。

数字化室：

负责石窟文物及重大活动影像资料拍摄与存档；

负责数字化档案的制作与存贮；

负责模拟石窟三维图像的成影制作及设备购置、维护、管理与更新，建立数字云冈数据库并研发相关数字产品。

陈列馆管理科：

负责院藏文物的保管、陈列、展览、讲解工作；

负责专题展览的陈列大纲、文案编写及展览管理工作；

组织实施云冈石窟对外展览及交流展览工作；

负责陈列馆设备的日常管理与维护。

工程建设科：

负责景区基础设施建设项目和维修工程的实施；协助实施大型文物保护工程；

负责办理工程项目的评审、招投标、预决算等相关手续；

负责工程项目的现场管理和工程质量的监督；

负责景区旅游标识的设置与维护。

环境园林科：

制定景区内环境保护、园林景观的规划并组织实施；

负责景区内环境质量的监督管理；

负责景区内园林景观的美化设计和管理；

负责景区内珍贵树木的保护管理以及园林绿化的建设和维护；

负责景区湖水、泉水、瀑布、假山的维护管理。

产业经营办：

负责景区内商业服务网点的规划布置；

负责景区内与经营有关的单位及商户的管理与监督；

负责旅游纪念品的开发与销售管理；

负责云冈石窟相关文化产业的组织开发。

计划财务科:

组织编制全院年度经费预算方案，拟定院内财务管理制度并监督实施；

负责全院计划财务管理及下属公司财务监管工作，编制预决算和会计报表汇总上报；

负责景区国有资产的财务监督和管理工作。

总务科:

负责全院固定资产的计划申报、实物购买、使用管理；合理配置并有效使用国有资产；

负责水、电、暖、通讯设施及其他设施的维护管理；

负责景区环境卫生、客房、浴室的管理。

遗产监测中心：

云冈石窟世界文化遗产监测管理工作和监测体系的建设；

负责石窟文物保存现状的动态监测并建立动态监测预警体系；

负责监测设备的日常维护和更新、监测数据处理工作；

建立和完善遗产地监测年度报告制度。

美术馆：

负责美术馆、石兵美术馆、院史馆的展陈、接待等日常管理工作；

负责国内外美术家及院校师生来云冈写生、创作；

负责展品收集、分类、登记、建档、保管等工作；

负责馆内展品、设备的保养工作。

彩塑壁画研究保护中心：

按照山西省文物局领导的指示精神和文物保护发展的需要，在省文物局、大同市政府、市文物局、云冈石窟研究院的大力推动下，集中大同市专业技术人才优势，与2012年1月12日，经大同市政府批准成立了“山西彩塑壁画研究保护中心”。该中心隶属于云冈石窟研究院，机构规格为正科级全额事业单位，主要职能是彩塑壁画文物的研究和保护，编制20名，领导职数为一正两副。
        为了尽快启动山西省彩塑壁画研究保护中心工作，在山西省文物局的大力支持下，2013年6月省局拨付专项资金100万元，为山西省彩塑壁画研究保护中心成立了壁画、泥塑文物保护修复实验室。
        为了尽快把这支彩塑壁画保护修复队伍建设成为大同、山西乃至全国的专业文物保护实体，迅速扭转全省彩绘泥塑维修保护滞后的局面，按照山西省文物局领导的指示精神，于2013年3月18日，云冈石窟研究院成立了“山西云冈彩绘泥塑文物保护修复有限公司”。注册资金为400万元，主要业务范围为壁画、泥塑文物的保护方案设计与修复施工。公司设总经理一名，总经理兼任法人代表。另设副经理两名。公司内设行政部、财务部、研究部、工程部、实验室、安保部等。公司运营管理制度参照国企。
        这两个机构的设立，为山西彩塑壁画保护工程提供了良好的平台。